شناسایی مولکولی باکتری ها – بخش دوم

شناسایی مولکولی باکتری

شناسایی مولکولی باکتری – بخش دوم

 

پویاژن آزما یک شرکت دانش بنیان و آزمایشگاه معتبر همکار سازمان غذا و دارو میباشد. این شرکت کارآموزی شناسایی مولکولی باکتری ها را با هدف تربیت نیروی علمی توانا برگزار میکند. تلاش این است که شما با شرکت در این دوره بتوانید تکنیک های آموزش داده شده را هرکجای دیگر با کمترین نیاز به کمک انجام دهید.

شما هرچقدر بیشتر یک تکنیک را خودتان تمرین کنید با تجربه بیشتر میتوانید تسلط بیشتری بر آن پیدا کنید. ما در این دوره ها در تلاشیم تا شما بتوانید از تجربه خطاهای احتمالی بهره برده و برای انجام این تکنیک ها با تکرار، تسلط مناسبی را بدست آورید.

سرفصل های دوره

  • اصول زیستی و ایمنی آزمایشگاه سلولی و مولکولی

  • آشنایی و آموزش نحوه استفاده از تجهیزات آزمایشگاهی

  • بافرسازی و نحوه محاسبات

  • نحوه ی نوشتن گزارش کار آزمایشگاه

  • کشت باکتری

  • ساخت محیط کشت

  • استخراج DNA

  • بررسی کیفی و کمی کیفیت ژنوم استخراج شده

  • طراحی پرایمر

  • PCR

  • بافرسازی

  • الکتروفورز

  • تحلیل نتایج تعیین سکانس

همه دانشجویان و فارغ التحصیلان رشته های بیولوژی معمولا کم و بیش با تکنیک PCR آشنایی دارند و اساس کار را می دانند. همه می دانیم که می توان با استفاده از تکنیک PCR یک قطعه ژن را به میلیاردها قطعه تبدیل کرد. اما هدف نهایی از تکثیر این قطعه DNA چیست؟

در پاسخ باید بگوییم که کاملا بستگی دارد؛ ممکن است هدف شما ایجاد یک سویه دارای یک ژن نوترکیب باشد، یا کارهای تشخیصی مثل دانستن وجود یا عدم وجود ی باکتری درون نمونه ای مجهول. با توجه به اینکه خواسته نهایی شما از به دست آوردن این ژن های تکثیر شده چیست؛ می توانید تکنیک های مختلفی از PCR را استفاده کنید.

در دوره کارآموزی شناسایی مولکولی با PCR ما با فرض اینکه می خواهیم از یک نمونه مجهول وجود یا عدم وجود یک باکتری خاص را بدانیم تکنیک PCR را به صورت عملی انجام می دهیم؛ و تمام تکنیک های مورد نیاز در این راه را به شما آموزش داده و این خود شما هستید که به صورت عملی کار را انجام می دهید و پیش می برید.

در دوره ی شناسایی ملکولی با PCR، علاوه بر الزامات اولیه آمزایشگاه و کار با وسایل ابتدایی مورد نیاز در آزمایشگاه مثل ترازو، سمپلر و … نحوه ساخت محیط کشت مورد نیاز باکتری را فرا میگیرید و باکتری که توسط خودتان کشت داده را برای استخراج ژنوم کامل استفاده می کنید. پس از آن با توجه با توالی باکتری مورد نظر اصول طراحی پرایمر به شما آموزش داده می شود و پس از PCR و مشاهده با استفاده از تکنیک الکتروفورز، ژن سکانس شده برای تعیین سکانس ارسال می شود. پس از انجام تعیین سکانس مشاهده ی نتیایج و تحلیل را خواهیم داشت و در انتها موفق به شناسایی باکتری مجهولمان با استفاده از تکنیک های بیوانفورماتیکی خواهیم شد. کادر مجرب شرکت پویاژن آزما از ابتدا تا انتهای راه در کنار شما خواهند بود و نه تنها تمامی تکنیک ها به صورت عملی و توسط خودتان انجام می شود، هر گونه مشکل و سوالی هم در حین کار رفع خواهیم کرد.

اگر شما دانشجوی این رشته هستید و دوست دارید فراتر از هم کلاسی های خود پیش بروید و در دنیای واقعی علم کار را تجربه کنید، اگر تازه فارغ التحصیل شدید اما هنوز تجربه کار عملی برای درج در رزومه ندارید، اگر چند سال بین آموزش و کار شما فاصله افتاده و مطالب را فراموش کرده اید، دوره های کارآموزی پویاژن آزما کاملا مناسب شما است.

این دوره در 5 روز برگزار شده و هزینه آن 2 میلیون و 150 هزار تومان میباشد که تخفیفات متعددی نیز برای شما در نظر گرفته شده است و میتوانید از طریق این لینک مشاهده کنید.

ساعات: 13-9 یا 13-17

برای ثبت نام و مشاوره میتوانید با شماره های زیر تماس بگیرید و یا از طریق لینک فرم درخواست را تکمیل بفرمایید تا در اسرع وقت با شما تماس بگیریم.

09101438051

02140443676-7

در بخش اول شناسایی مولکولی باکتری توضیح دادیم که توالی 16S rRNA چیست و چرا برای شناسایی باکتری ها از آن استفاده میکنیم.

تعیین سکانس این توالی به ما در شناسایی مولکولی باکتری ها کمک میکند. آزمایشگاه همکار پویاژن آزما تولیدکننده کیت های استخراج DNA در این مقاله به پروتکل و نحوه شناسایی مولکولی باکتری ها با استفاده از PCR و تعیین سکانس ژن 16S rRNA می پردازد.

 

در این بخش میخواهیم به پروتکل این تکنیک بپردازیم.

در پاسخ باید بگوییم که کاملا بستگی دارد؛ ممکن است هدف شما ایجاد یک سویه دارای یک ژن نوترکیب باشد، یا کارهای تشخیصی مثل دانستن وجود یا عدم وجود ی باکتری درون نمونه ای مجهول. با توجه به اینکه خواسته نهایی شما از به دست آوردن این ژن های تکثیر شده چیست؛ می توانید تکنیک های مختلفی از PCR را استفاده کنید.

در دوره کارآموزی شناسایی مولکولی با PCR ما با فرض اینکه می خواهیم از یک نمونه مجهول وجود یا عدم وجود یک باکتری خاص را بدانیم تکنیک PCR را به صورت عملی انجام می دهیم؛ و تمام تکنیک های مورد نیاز در این راه را به شما آموزش داده و این خود شما هستید که به صورت عملی کار را انجام می دهید و پیش می برید.

سرفصل های دوره

  • کشت باکتری

  • ساخت محیط کشت

  • استخراج DNA

  • طراحی پرایمر

  • PCR

  • بافرسازی

  • الکتروفورز

  • تحلیل نتایج تعیین سکانس

در دوره ی شناسایی ملکولی با PCR، علاوه بر الزامات اولیه آمزایشگاه و کار با وسایل ابتدایی مورد نیاز در آزمایشگاه مثل ترازو، سمپلر و … نحوه ساخت محیط کشت مورد نیاز باکتری را فرا میگیرید و باکتری که توسط خودتان کشت داده را برای استخراج ژنوم کامل استفاده می کنید. پس از آن با توجه با توالی باکتری مورد نظر اصول طراحی پرایمر به شما آموزش داده می شود و پس از PCR و مشاهده با استفاده از تکنیک الکتروفورز، ژن سکانس شده برای تعیین سکانس ارسال می شود. پس از انجام تعیین سکانس مشاهده ی نتیایج و تحلیل را خواهیم داشت و در انتها موفق به شناسایی باکتری مجهولمان با استفاده از تکنیک های بیوانفورماتیکی خواهیم شد. کادر مجرب شرکت پویاژن آزما از ابتدا تا انتهای راه در کنار شما خواهند بود و نه تنها تمامی تکنیک ها به صورت عملی و توسط خودتان انجام می شود، هر گونه مشکل و سوالی هم در حین کار رفع خواهیم کرد.

اگر شما دانشجوی این رشته هستید و دوست دارید فراتر از هم کلاسی های خود پیش بروید و در دنیای واقعی علم کار را تجربه کنید، اگر تازه فارغ التحصیل شدید اما هنوز تجربه کار عملی برای درج در رزومه ندارید، اگر چند سال بین آموزش و کار شما فاصله افتاده و مطالب را فراموش کرده اید، دوره های کارآموزی پویاژن آزما کاملا مناسب شما است.

برای ثبت نام و مشاوره میتوانید با شماره های زیر تماس بگیرید و یا از طریق لینک فرم درخواست را تکمیل بفرمایید تا در اسرع وقت با شما تماس بگیریم.

09101438051

02140443676-7

استخراج ژنوم باکتری برای شناسایی مولکولی باکتری ها

برای تعیین گونه یک نمونه باکتریایی ابتدا ژنوم آن را استخراج کنید. برای استخراج ژنوم تمامی باکتری ها هم گرم مثت و هم گرم منفی میتوان از کیت های استخراج DNA پویاژن آزما استفاده کنید و در عرض 70 دقیقه از سخت ترین نمونه ها هم بدون آنزیم و مواد سمی استخراج کنید آموزش کامل استخراج DNA از باکتری ها را از این لینک مطالعه کنید.

 

طراحی پرایمر برای شناسایی مولکولی باکتری ها

برای نواحی متغیر ژن 16S rRNA پرایمرهای متفاوتی قابل استفاده هستند. بسته به آن که میکروارگانیسم هدف تا حد گونه، سویه یا… میخواهیم شناسایی کنیم و روش تعیین سکانس مورد استفاده چیست، یکی از پرایمرها را میتوانیم انتخاب کنیم.

شناسایی مولکولی باکتری

شناسایی مولکولی باکتری

در آزمایشگاه همکار پویاژن آزما ما تمامی میکروارگانیسم ها را با روش های مولکولی در کمترین زمان شناسایی می کند . همچنین شما برای آموزش کامل روش های طراحی پرایمر با سایت و نرم افزارهای مختلف را در این لینک مطالعه کنید.

 

PCR برای شناسایی مولکولی

پس از طراحی و سنتز پرایمر شما باید در حضور یک جفت پرایمر تهیه شده با توجه پروتکل گفته شده در اینجا برای PCR مقدار ژن 16S rRNA را افزایش می دهیم.

برای خرید کیت استخراج DNA  میتوانید از این لینک استفاده کنید. 

 

الکتروفورز محصول PCR روی ژل آگارز

پس از انجام PCR محصول بدست آمده را روی ژل آگارز میبریم تا اسیدهای نوکلئیک بر اساس اندازه از یکدیگر جدا شوند. یک مارکر نیز درکنار آن قرار میدهیم. نحوه تهیه ژل آگارز و نمونه و لود کردن نمونه روی ژل آگارز را در این لینک بطور مفصل توضیح دادیم.

پس از آنکه رنگ آبی روی ژل به یک سوم انتهایی رسید ولتاژ را متوقف کرده و ژل را درون ژل داک با نور UV مشاهده کرده و از آن تصویربرداری کنید. باند مرتبط با 16SrRNA تقریبا حدود 1500 باز است. این باند بادی تمیز و بدون اسمیر باشد.

شناسایی مولکولی باکتری

تصویری از ژل آگارز با باندهایی با اندازه 1500 باز که در کنار مارکر مشاهده می شود

 

پس از آن با یک تیغ باند موردنظر را درحالی که ژل را با نور UV مشاهده میکنید، برش بزنید.

نکته بسیار مهم : هنگامی که به نور UV نگاه میکنید حتما از عینک مخصوص استفاده کنید.

وسپس باند DNA را از ژل جدا کرده و خالص میکنیم تا برای تعیین سکانس بفرستیم.

 

تعیین سکانس 16S rRNA

روشهای مختلفی برای تعیین سکانس وجود دارد که به تفصیل در مقالات بعدی در اینباره صحبت خواهیم کرد. در نهایت نتایج تعیین سکانس به صورت تصویر زیر خواهد بود.

شناسایی مولکولی باکتری

نمونه ای از نتایج تعیین توالی با روش سنگر

در ادامه نوشته توالی یابی به روش سنگر را مطالعه کنید تا با این روش بیشتر آشنا شوید.

توالی هایی که به خوبی تعیین توالی شده اند را blast کرده و درنهایت گونه هایی که به آن توالی نزدیک هستند را میتوانید مشاهده کنید. از سال 2014 میزان شباهت 7/98 درصد و بالاتر در ژن 16S باکتری های عضو یک گونه هستند. برای برخی باکتری ها مانند خانواده لاکتوباسیل بوچری (بوچری، کفیری، پارابوچری و پاراکفیری) شناسایی اعضاء بین یک خانواده با ژن 16S امکان پذیر نیست و برای تمامی آنها شباهت بالای 99 درصد وجود دارد. به همین دلیل از ژن 23S آنها استفاده می کنیم.

در بخش بیوانفورماتیک به محث بلست کردن بطور کامل خواهیم پرداخت.

 

برای مطالعه بیشتر میتوانید به این لینک بروید

 

 

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

منوی دسته بندی های خود را در تنظیمات قالب -> هدر -> منو -> منو موبایل (دسته ها) تنظیم کنید
اولین منوی خود را اینجا ایجاد کنید
سبد خرید
فروشگاه
لیست علاقه مندی ها
0 مورد سبد خرید
حساب من