شناسایی مولکولی باکتری

شناسایی مولکولی باکتری ها – بخش دوم

شناسایی مولکولی باکتری – بخش دوم

 

در بخش اول شناسایی مولکولی باکتری توضیح دادیم که توالی 16S rRNA چیست و چرا .

تعیین سکانس این توالی به ما در شناسایی مولکولی باکتری ها کمک میکند. آزمایشگاه همکار پویاژن آزما تولیدکننده کیت های استخراج DNA در این مقاله به پروتکل و نحوه شناسایی مولکولی باکتری ها با استفاده از PCR و تعیین سکانس ژن 16S rRNA می پردازد .

 

 

استخراج ژنوم باکتری برای شناسایی مولکولی باکتری ها

برای تعیین گونه یک نمونه باکتریایی ابتدا ژنوم آن را استخراج کنید. برای استخراج ژنوم تمامی باکتری ها هم گرم مثت و هم گرم منفی میتوان از کیت های استخراج DNA پویاژن آزما استفاده کنید و در عرض 70 دقیقه از سخت ترین نمونه ها هم بدون آنزیم و مواد سمی استخراج کنید آموزش کامل استخراج DNA از باکتری ها را از این لینک مطالعه کنید.

 

برای مراجعه به صفحه تصفیه فاضلاب صنعتی میتوانید از این لینک استفاده کنید .

 

طراحی پرایمر برای شناسایی مولکولی باکتری ها

برای نواحی متغیر ژن 16S rRNA پرایمرهای متفاوتی قابل استفاده هستند. بسته به آن که میکروارگانیسم هدف تا حد گونه، سویه یا… میخواهیم شناسایی کنیم و روش تعیین سکانس مورد استفاده چیست، یکی از پرایمرها را میتوانیم انتخاب کنیم.

شناسایی مولکولی باکتری

شناسایی مولکولی باکتری

در آزمایشگاه همکار پویاژن آزما ما تمامی میکروارگانیسم ها را با روش های مولکولی در کمترین زمان شناسایی می کند . همچنین شما برای آموزش کامل روش های طراحی پرایمر با سایت و نرم افزارهای مختلف را در این لینک مطالعه کنید.

 

PCR برای شناسایی مولکولی

پس از طراحی و سنتز پرایمر شما باید در حضور یک جفت پرایمر تهیه شده با توجه پروتکل گفته شده در اینجا برای PCR مقدار ژن 16S rRNA را افزایش می دهیم.

برای خرید کیت استخراج DNA  میتوانید از این لینک استفاده کنید. 

 

الکتروفورز محصول PCR روی ژل آگارز

پس از انجام PCR محصول بدست آمده را روی ژل آگارز میبریم تا اسیدهای نوکلئیک بر اساس اندازه از یکدیگر جدا شوند. یک مارکر نیز درکنار آن قرار میدهیم. نحوه تهیه ژل آگارز و نمونه و لود کردن نمونه روی ژل آگارز را در این لینک بطور مفصل توضیح دادیم.

پس از آنکه رنگ آبی روی ژل به یک سوم انتهایی رسید ولتاژ را متوقف کرده و ژل را درون ژل داک با نور UV مشاهده کرده و از آن تصویربرداری کنید. باند مرتبط با 16SrRNA تقریبا حدود 1500 باز است. این باند بادی تمیز و بدون اسمیر باشد.

شناسایی مولکولی باکتری

تصویری از ژل آگارز با باندهایی با اندازه 1500 باز که در کنار مارکر مشاهده می شود

 

پس از آن با یک تیغ باند موردنظر را درحالی که ژل را با نور UV مشاهده میکنید، برش بزنید.

نکته بسیار مهم : هنگامی که به نور UV نگاه میکنید حتما از عینک مخصوص استفاده کنید.

وسپس باند DNA را از ژل جدا کرده و خالص میکنیم تا برای تعیین سکانس بفرستیم.

 

تعیین سکانس 16S rRNA

روشهای مختلفی برای تعیین سکانس وجود دارد که به تفصیل در مقالات بعدی در اینباره صحبت خواهیم کرد. در نهایت نتایج تعیین سکانس به صورت تصویر زیر خواهد بود.

شناسایی مولکولی باکتری

نمونه ای از نتایج تعیین توالی با روش سنگر

توالی یابی به روش سنگر

توالی هایی که به خوبی تعیین توالی شده اند را blast کرده و درنهایت گونه هایی که به آن توالی نزدیک هستند را میتوانید مشاهده کنید. از سال 2014 میزان شباهت 7/98 درصد و بالاتر در ژن 16S باکتری های عضو یک گونه هستند. برای برخی باکتری ها مانند خانواده لاکتوباسیل بوچری (بوچری، کفیری، پارابوچری و پاراکفیری) شناسایی اعضاء بین یک خانواده با ژن 16S امکان پذیر نیست و برای تمامی آنها شباهت بالای 99 درصد وجود دارد. به همین دلیل از ژن 23S آنها استفاده می کنیم.

در بخش بیوانفورماتیک به محث بلست کردن بطور کامل خواهیم پرداخت.

 

به صفحه تصفیه فاضلاب صنعتی مراجعه نمایید

 

برای مطالعه بیشتر میتوانید به این لینک بروید

 

 

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد.

منوی دسته بندی های خود را در تنظیمات قالب -> هدر -> منو -> منو موبایل (دسته ها) تنظیم کنید
اولین منوی خود را اینجا ایجاد کنید
سبد خرید
برای دیدن نوشته هایی که دنبال آن هستید تایپ کنید.
فروشگاه
لیست علاقه مندی ها
0 مورد سبد خرید
حساب من