برای استخراج DNA از قارچ و مخمر بهترین راه را برایتان اپتیمایز کرده و داخل این فیلم با تمام نکاتی که لازم دارید تا به هر روشی استخراج کنید آوردیم. این نکات رو توی هیچ کتابی پیدا نمیکنید و بصورت تجربی بدست آمده که تیم ما رایگان در اختیار شما گذاشته.
برای انجام بسیاری از آزمایشات مولکولی شما به استخراج ژنوم نیاز دارید. بسته به نمونه موردنظر این استخراج میتواند متفاوت انجام شود. یکی از روش های استخراج DNA استفاده از کیت های تجاری میباشد که شرکت پویاژن آزما روشی را برای شما بهینه کرده که با هزینه ای اندک خلوص مناسبی از ژنوم را از نمونه های قارچ و مخمر حتی آنهایی که به سختی استخراج میشوند را به شما میدهد.
در این مقاله شما را با نحوه استفاده از کیت استخراج DNA از قارچ و مخمر شرکت پویاژن آزما آشنا میکنیم. در ویدئوی زیر میتوانید تمامی مراحل و نکات را مشاهده کنید.
بافرهای موجود برای استخراج DNA از قارچ
درابتدا ظرف های حاوی محلول های موردنظر را از جعبه کیت خارج کنید که باید این محلول ها داخل جعبه قرار داشته باشند.
- Buffer L 15 ml
- Buffer D 9 ml
- Solvent Buffer 5 ml
- RNase A 40 microlitr
کیت استخراج ژنوم از قارچ
پروتکل و مراحل استخراج DNA از قارچ و مخمر
- ۳تا۵ میلی لیتر از قارچ یا مخمر کشت داده شده در محیط SDA یا محیط های مایع مناسب دیگر را درون میکروتیوب منتقل کنید.
- به مدت یک دقیقه در ۱۳۰۰۰ دور سانتریفیوژ کنید و محلول رویی را دور بریزید.
- 300 میکرولیتر از بافر L را به رسوب مخمر و یا 30 تا 50 میلیگرم (وزن تر) از میسلیوم قارچ اضافه کرده و 3-4 دقیقه ورتکس کنید.
- 180 میکرولیتر از بافر D را به میکروتیوب اضافه کرده و 15 ثانیه سروته کنید. (پس از افزودن بافر D رسوب سفید رنگ مشاهده میشود.)
- 8 تا 10 دقیقه در 13000rpm سانتریفیوژ کنید.
- محلول رویی را به یک میکروتیوب جدید اضافه کنید (این کار را با برعکس کردن میکروتیوب انجام دهید و ترجیحا از سمپلر استفاده نکنید). * مراقب باشید که رسوب را به میکرتیوب جدید وارد نکنید و اگر این اتفاق افتاد مرحله ۵ و ۶ را تکرار کنید.
- دو برابر حجم مایعی که به میکروتیوب جدید منتقل کردید اتانول سرد ۹۶-۱۰۰ درصد اضافه کنید و به آهستگی ۵ بار سروته کنید. سپس به مدت 20 دقیقه در فریزر -20 قرار دهید.
- به مدت ۵ دقیقه در ۱۳۰۰۰ دور سانتریفیوژ کنید.
- اتانول را دور بریزید و رسوب را نگه دارید.
- رسوب را با افزودن ۱۰۰-2۰۰ میکرولیتر اتانول ۷۰ درصد و ۲-۳ بار سروته کردن شست و شو دهید.
- به مدت یک دقیقه در ۱۳۰۰۰ دور سانتریفیوژ کنید.
- اتانول را دور ریخته (بطور کامل و دقیق با سمپلر ترجیحا ده تا صد بکشید) و رسوب را در دمای اتاق به مدت ۱-۲ دقیقه خشک کنید.
- پس از خشک شدن رسوب و عدم حضور اتانول درون میکروتیوب، بسته به میزان رسوب، آن را در ۲۰ تا ۵۰ میکرولیتر از بافر Solvent حل کنید. رسوب را به خوبی در بافر حل کنید.
در نهایت این نمونه برای تمامی تست های مولکولی میتواند مورد استفاده قرار گیرد.
در آخر می توانید ژنوم استخراجی را روی ژل اگارز الکتروفورز کنید. آموزش الکتروفورز ژل آگارز را از اینجا بخوانید.
سوالات متداول
1. آیا کیت استخراج DNA از قارچ و مخمر پویاژن آزما قادر به جداسازی ژنوم هر نوع مخمر و قارچی میباشد؟
بله. این کیت میتواند از تمامی انواع قارچ و مخمر ژنوم جدا کرده و همچنین کیت ها مرتبا کنترل کیفی میشوند و هیچ گونه مشکلی نخواهد بود.
2. آیا کیت های پویاژن آزما از پشتیبانی برخوردار است؟
بله. شما میتوانید پس از خرید کیت، هر مشکلی در پروتکل و یا نتایج خود را با کارشناسان ما درمیان گذاشته و ما تا رفع تمامی اشکالات با شما همراه خواهیم بود.
3. این کیت ها تا چه زمان قابل استفاده هستند؟
شما میتوانید تا یک سال پس از تولید از کیت های پویاژن آزما استفاده کنید.
4. آیا میتوان از این کیت برای استخراج ژنوم قارچ های موجود درون نمونه انسانی استفاده کرد؟
بله. بهتر است بعد از کشت استخراج شوند. ولی برای میزان بسیار کم از قارچ یا مخمر نیز ژنوم جدا شده و PCR آن به خوبی جواب میدهد. فقط ممکن است ژنوم استخراج شده مستقیما روی ژل آگارز باند خوبی نداشته باشد ولی برای PCR مشکلی ندارد.
5. آیا می توان برای استخراج از کپک هم از این کیت استفاده کرد؟
بله. فقط حتما در محمیط کشت مایع مناسب کشت دهید تا میسلیوم به دست آورید. می توانید ژنوم را از میسلیوم کپک استخراج کنید.
جزئیات کیت استخراج DNA از قارچ و مخمر پویاژن آزما
ممنون از شما عزیزان که با مقاله آموزش استخراج DNA از قارچ و مخمر همراه ما بودید. مطالعه بیشتر در مورد نکات استخراج ژنوم از قارچ ها
