آموزش استخراج DNA از باکتری‌ها

آموزش استخراج DNA از باکتری‌ها

 

در این مقاله از پویاژن میخواهیم به سراغ آموزش استخراج DNA از باکتری‌ها برویم

برای استخراج DNA از باکتری بهترین راه رو براتون اپتیمایز کردیم و داخل این فیلم با تمام نکاتی که لازم دارید تا به هر روشی استخراج کنید آوردیم. این نکات رو توی هیچ کتابی پیدا نمیکنید و همشون تجربی بدست اومده که تیم ما رایگان در اختیارتون گذاشته.

برای انجام بسیاری از آزمایشات مولکولی شما به استخراج ژنوم نیاز دارید. بسته به نمونه موردنظر این استخراج میتواند متفاوت انجام شود. یکی از روش های استخراج DNA استفاده از کیت های تجاری میباشد که شرکت پویاژن آزما روشی را برای شما بهینه کرده که با هزینه ای اندک خلوص مناسبی از ژنوم را از نمونه های باکتری، اعم از گرم منفی و مثبت حتی با کتری هایی که به سختی استخراج میشوند را به شما میدهد. در این مقاله شما را با نحوه استفاده از کیت استخراج DNA از باکتری شرکت پویاژن آزما آشنا میکنیم.

 

بافرهای موجود برای استخراج DNA از باکتری

درابتدا ظرف های حاوی محلول های موردنظر را از جعبه کیت خارج کنید که باید این محلول ها داخل جعبه قرار داشته باشند.

Buffer I 5 ml
Buffer II 10 ml
Buffer III 8 ml
Buffer X 10 ml
Solvent Buffer 5 ml
RNase A

نکات استفاده از کیت استخراج DNA

کیت استخراج DNA از باکتری شرکت پویاژن آزما قابل نگهداری در دمای محیط میباشد. فقط میکروتیوب حاوی Rnase باید درون فریزر نگهداری شود و هر زمان که زمان که خواستید از کیت استفاده کنید، ویال حاوی Rnase را به بافر I اضافه کنید و از آن پس در یخچال نگهداری کنید.

همچنین دو ماده را قبل از شروع کار باید آماده کنید. اتانول سرد 96-100 درصد و اتانول سرد 70 درصد (اگر مقداری اتانول را در فریزر نگهداری کنید سرد میماند و اتانول با این درصدها در -20 یخ نمیزند).

با این کیت شما میتوانید در زمان و هزینه سرفه جویی کنید و میزان خلوص DNA استخراجی شما بسیار بالا خواهد بود.

شما برای استخراج  DNA از باکتریها با استفاده از این کیت به 70 دقیقه زمان نیاز دارید.

همچنین توجه داشته باشید که از هیچگونه ماده سمی، لیزوزیم، لیزوزتافین و فنول استفاده نشده. DNA که با استفاده از این کیت استخراج میکنید میتواند برای تمامی تکنیک های مولکولی مانند PCR، کلونینگ ژن، تعیین توالی و… استفاده شود.

برای رفتن به صفحه فروشگاه و خرید کیت استخراج دلخواه خود از این لینک استفاده کنید.

 

پروتکل استخراج DNA از باکتری

  • 3تا5 میلی لیتر از باکتری کشت داده شده در محیط مایع را به مدت یک دقیقه در 13000 دور سانتریفیوژ کنید.

  •   رسوب را در 100 میکرولیتر از بافر I حل کنید (سلول ها بطور کامل سوسپانسیون شوند).

  • 200 میکرولیتر از بافر II را به میکروتیوب اضافه کنید.

  • 150 میکرولیتر از بافر III را به میکروتیوب بیافزایید و به آهستگی 3 بار سروته کنید. *اگر باکتری شما گرم مثبت است نمونه را به مدت 45 دقیقه در دمای 37-42 درجه سانتی گراد انکوبه کنید.

  • 180 میکرولیتر از بافر X را به تیوب افزوده و 10 بار سروته کنید. (وقتی بافر X را به نمونه اضافه میکنید یک رسوب سفید ایجاد میشود که پروتئین ها و اجزا سلولی هستند.)

  • به مدت 10 دقیقه در 13000rpm سانتریفیوژ کنید.

  • محلول رویی را به یک میکروتیوب جدید اضافه کنید. (این کار را با برعکس کردن میکروتیوب انجام دهید و ترجیحا از سمپلر استفاده نکنید) *مراقب باشید که رسوب را به میکرتیوب جدید وارد نکنید و اگر این اتفاق افتاد مرحله 5 و 6 را تکرار کنید. (اگر میزان رسوب زیاد باشد خلوص مناسبی نخواهید داشت.)

  • دو برابر حجم مایعی که به میکروتیوب جدید منتقل کردید اتانول سرد 96-100 درصد اضافه کنید و به آهستگی 5 بار سروته کنید؛ برای بازدهی بهتر میتوانید به مدت 20 دقیقه در فریزر -20 قرار دهید.

  • به مدت 5-8 دقیقه در 13000 دور سانتریفیوژ کنید.

  • اتانول را دور بریزید و رسوب را نگه دارید.

  • رسوب را با افزودن 100-500 میکرولیتر اتانول 70 درصد (بسته به میزانی که در مرحله قبل رسوب داشتید) و 2-3 بار سروته کردن شست و شو دهید.

  • به مدت یک دقیقه در 13000 دور سانتریفیوژ کنید.

  • اتانول را دور ریخته (بطور کامل و دقیق با سمپلر ترجیحا ده تا صد بکشید) و رسوب را در دمای اتاق به مدت 1-2 دقیقه خشک کنید.

  • پس از خشک شدن رسوب و عدم حضور اتانول درون میکروتیوب، رسوب را در 20 تا 50 میکرولیتر از بافر Solvent حل کنید. رسوب را به خوبی در بافر حل کنید.

در نهایت این نمونه برای تمامی تست های مولکولی میتواند مورد استفاده قرار گیرد.

آموزش استخراج DNA از باکتری‌ها

DNA استخراجی با استفاده از کیت استخراج DNA از باکتری که روی ژل آگارز 1 درصد لود شده است.

نمونه شماره یک لیستریا، نمونه شماره دو باسیلوس سوبتیلیس، نمونه شماره سه Streptococcus agalactiae و نمونه شماره چهار Staphylococcus aureus

برای آموزش الکتروفورز ژل آگارز کلیک کنید.

 

سوالات متداول

  1. آیا کیت استخراج DNA از باکتری پویاژن آزما قادر به جداسازی باکتری های گرم مثبت با دیواره سخت مثل استافیلوکوکوس اورئوس میباشد؟

بله. با توجه به اینکه شرکت پویاژن آزما آزمایشگاه همکار سازمان غذا و دارو نیز میباشد، تمامی باکتری های گرم مثبت از قبیل استافیلوکوکوس اورئوس، لاکتوباسیلوس ها، بیفیدوباکتریوم ها و… بصورت روزانه استخراج و شناسایی میشوند، تمامی تست ها با استفاده از همین کیت ها انجام شده و مرتبا کنترل کیفی میشوند.

2. آیا کیت های پویاژن آزما از پشتیبانی برخوردار است؟

بله. شما میتوانید پس از خرید کیت، هر مشکلی در پروتکل و یا نتایج خود را با کارشناسان ما درمیان گذاشته و ما تا رفع تمامی اشکالات با شما همراه خواهیم بود.

3. این کیت ها تا چه زمان قابل استفاده هستند؟

شما میتوانید تا یک سال پس از تولید از کیت های پویاژن آزما استفاده کنید.

4. آیا میتوان از این کیت برای استخراج ژنوم باکتری های موجود درون خون (عفونت) استفاده کرد؟

بله. بهتر است باکتری ها بعد از کشت استخراج شوند. ولی برای میزان بسیار کم از باکتری نیز ژنوم جدا شده و PCR آن به خوبی جواب میدهد. فقط ممکن است ژنوم استخراج شده مستقیما روی ژل آگارز باند خوبی نداشته باشد ولی برای PCR مشکلی ندارد.

مقاله انگلیسی در اینباره

ممنون از همراهی گرم شما برای مطالعه آموزش استخراج DNA از قارچ ها . میتوانید برای مطالعا بیشتر به این لینک نیز بروید

 

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *

منوی دسته بندی های خود را در تنظیمات قالب -> هدر -> منو -> منو موبایل (دسته ها) تنظیم کنید
اولین منوی خود را اینجا ایجاد کنید
سبد خرید
فروشگاه
لیست علاقه مندی ها
0 مورد سبد خرید
حساب من